1264年，忽必烈设释教总制院，命八思巴以国师身份兼领院事。在总制院（后改宣政院）下，设有“宣慰使司都元帅府”，负责处理和管辖现今西藏大部分地区的军政事务。宣慰使司下面辖有管理民政的万户府、千户所。1265年，忽必烈封八思巴为大宝法王、帝师，并通过八思巴举荐，任命了总管西藏事务的行政长官和13个万户府的万户长。
1268年、1287年和1334年，元朝中央曾三次派官员在西藏清查户口，还在西藏地区设立了15个驿站，联成通往大都（今北京）的交通线，推行并确立了西藏地方的“乌拉”（意为徭役、差役）制度。 历代中央政府对西藏的管辖 自十三世纪中叶西藏地区正式归入元朝版图后，中国虽然经历了几代王朝的兴替，多次更换中央政权，但西藏一直处于中央政? 府的管辖之下。
十四世纪中叶，萨迦地方政权逐渐衰落。1354年，以降曲坚赞为首的帕竹噶举派成为西藏大部分地区的统治者，形成了政教合一的帕竹地方政权。在西藏帕竹时期，元中央政府承认了这一事实，封降曲坚赞为大司徒。1368年明朝建立后，采取了普遍封赐的政策，对具有政治实力的地方诸教派首领均赐加以“王”、“法王”、“灌顶国师”等名号；王位的继承必须经皇帝批准，遣使册封。
这时，达赖喇嘛和班禅喇嘛两大活佛系统所属的格鲁派兴起，三世达赖喇嘛索南嘉措向明廷入贡，获得明朝中央封赐的“朵儿只唱”名号。明朝中央对西藏地方的治理，沿袭了元朝的办法，先后设置乌思藏、朵甘两个 “卫指挥使司”和“俄力思军民元帅府”，分别管理前后藏、昌都和阿里地区的军政事务。其间，帕竹地方政权在西藏部分地区建立了宗本制度，所任各宗的行政首脑，明朝皆授以官职，使其既为宗本（相当于县长）又为中央命官。
1644年清朝取代明朝，对西藏的治理更加严密，使中央政府在西藏行使主 权管辖的施政进一步制度化、法律化。清顺治皇帝数次邀请五世达赖进京，1652年，五世达赖进京入见。1653年，顺治皇帝颁赐金册、金印，敕封五世达赖，正式确定了达赖喇嘛的封号。1713年，康熙皇帝册封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”，正式确定了班禅喇嘛的名号。
自此，达赖喇嘛在拉萨统治西藏的大部分地区，班禅额尔德尼在日喀则统治西藏的另一部分地区。1727年，清朝设立驻藏大臣，代表中央监督西藏地方行政；西藏与四川、云南、青海的区界，就是于此时派员正式勘定的。1721年，清朝中央政府在西藏建立噶伦制度；1750年，再次调整管理西藏的行政体制，废除郡王制度，建立西藏地方政府（即“噶厦”），规定了驻藏大臣与达赖喇嘛共同掌握西藏事务的体制。
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